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一、產品描述

貨號：PRO-S-2-6  

英文名：Scaffold ssDNA 7560bp

中文名：7560bp單鏈DNA支架  

品牌：tilibit  

規格：800pmol  

tilibit Scaffold ssDNA 7560bp 是專為DNA折紙技術（DNA Origami）設計的高純度單鏈DNA支架，由德國tilibit Nanosystems GmbH研發。該產品以M13噬菌體單鏈DNA為骨架，通過精密的分子編程實現自組裝，形成用戶定義的二維或三維納米結構。其長度為7560個堿基，具備優異的序列均一性和低錯誤率（<0.1%），適用于構建分子馬達、藥物遞送載體、生物傳感器等復雜納米器件。  

本產品采用超潔凈合成工藝，確保無核酸酶殘留及宿主基因組污染，并通過紫外分光光度計（A260/A280比值1.8-2.0）和瓊脂糖凝膠電泳驗證純度（≥95%）。作為tilibit產品線的核心組件，Scaffold ssDNA 7560bp 支持與短鏈DNA“訂書釘"互補配對，結合鎂離子（Mg2?）輔助折疊，廣泛應用于分子生物學、醫療診斷及材料科學領域。  

二、產品特點

1. 高精度與穩定性  

tilibit Scaffold ssDNA 7560bp 基于M13噬菌體單鏈DNA構建，其天然環狀結構賦予支架優異的穩定性，可耐受常規實驗條件下的溫度波動和化學環境。通過化學修飾技術（如氨基基團、熒光染料標記），可精準定位功能基團，支持靶向藥物遞送和分子識別等應用。例如，在腫瘤診療中，氨基修飾的支架可偶聯靶向抗體，實現腫瘤標志物的高效捕獲。  

2. 靈活的設計自由度  

借助計算機輔助設計（CAD）軟件，用戶可自定義納米結構的形狀與功能。支架的7560bp長度允許構建多層級復雜結構，如納米孔陣列或動態關節。動態設計支持對外部信號（如pH、溫度）的響應，例如在酸性環境中觸發結構形變，釋放負載藥物。  

3. 嚴格的質量控制  

每批次產品均經過多輪質檢，包括：  

• 序列驗證：通過Sanger測序確認關鍵區域序列準確性。  

• 純度檢測：HPLC分析確保雜質含量低于0.5%。  

• 功能測試：折疊效率驗證（≥90%）及電泳條帶均一性檢查。  

4. 廣泛的應用兼容性  

• 科研領域：作為基因編輯模板，支持CRISPR-Cas9系統的精準定位；研究蛋白質-DNA相互作用時，提供高信噪比信號。  

• 醫療診斷：構建高靈敏度生物傳感器，檢測病原體核酸（如新冠病毒）的靈敏度達10 copies/μL。  

• 材料科學：開發柔性電子器件，利用DNA支架的導電性設計分子級電路。  

三、儲存條件

為確保產品性能穩定，需遵循以下儲存規范：  

• 短期儲存：未開封產品于-20℃避光保存，避免反復凍融。  

• 長期儲存：建議分裝為小份（如50pmol/管）后置于-80℃超低溫冰箱，可穩定保存12個月以上。  

• 使用中儲存：已稀釋溶液需4℃短期存放（≤7天），避免核酸酶污染。  

注意事項：  

• 避免接觸含EDTA、SDS或高濃度DTT的溶液，以防破壞DNA結構。  

• 運輸過程中需采用干冰保溫，確保溫度低于-20℃。  

四、工作原理

tilibit Scaffold ssDNA 7560bp 的自組裝過程基于DNA折紙技術，具體步驟如下：  

1. 支架設計：利用Tiamat或caDNAno等軟件設計目標結構的二維/三維模型，生成互補鏈“訂書釘"DNA序列。  

2. 折疊反應：將支架DNA與訂書釘DNA按比例混合（典型濃度：支架20 nM，訂書釘10 nM），加入10×折疊緩沖液（含10-20 mM Mg2?）及超純水，37℃孵育1-2小時。  

3. 結構穩定：Mg2?通過中和DNA磷酸骨架的負電荷，增強堿基配對特異性，確保結構在生理條件下保持完整。  

4. 功能化修飾：通過末端修飾（如生物素、羧基）或點擊化學反應引入功能基團，適配下游應用（如抗體偶聯、納米顆粒負載）。  

五、解決實驗中的關鍵問題

1. 復雜結構構建難題  

   傳統DNA自組裝技術受限于短鏈DNA的穩定性，難以構建大尺寸結構。本產品通過長鏈單鏈DNA支架簡化折疊流程，降低設計復雜度。例如，7560bp長度可減少折疊路徑中的能量壁壘，提高成功率。  

2. 實驗效率提升  

   高純度單鏈DNA減少非特異性結合，標準折疊反應僅需2小時（傳統方法需6-8小時）。配合預混緩沖液（如Folding Kit Basic），可進一步縮短操作時間。  

3. 結構穩定性保障  

   優化序列設計避免二級結構（如發夾結構），并通過鎂離子濃度梯度實驗確定條件（推薦10-20 mM），確保結構在PCR擴增或電泳過程中保持完整。  

4. 功能化擴展  

   支持與量子點、金納米顆粒偶聯，開發多模態生物傳感系統。例如，在環境監測中，構建對重金屬離子響應的熒光DNA納米探針。

六、使用方法

實驗流程：  

1. 解凍與稀釋  

   • 4℃解凍后，用超純水稀釋至工作濃度（通常為10-50 nM）。  

2. 反應體系配置  

   • 推薦體積：100 μL  

   • 成分：  

     ? Scaffold ssDNA：20 nM  

     ? 短鏈DNA（訂書釘）：10 nM  

     ? 10×折疊緩沖液（含Mg2?）：1×  

     ? 超純水：補足體積  

3. 折疊反應  

   • 37℃孵育1-2小時，期間可短暫離心去除氣泡。  

4. 產物純化  

   • 使用瓊脂糖凝膠電泳分離，切膠回收目標條帶（參考凝膠上樣染料說明）。  

5. 功能驗證  

   • 通過原子力顯微鏡（AFM）或透射電鏡（TEM）觀察結構形貌。  

注意事項：  

• 鎂離子濃度需精確控制，過高會導致非特異性結合，過低則影響結構穩定性。  

• 長期保存的樣品使用前需進行濃度測定（如NanoDrop分光光度計）。  

七、常見問題與解決方案

1. 電泳條帶模糊或多條帶  

• 可能原因：DNA降解或污染。  

• 解決方案：使用RNase A處理樣品，優化純化步驟（如增加酚-氯仿抽提）。  

2. 折疊效率低  

• 可能原因：Mg2?濃度不足或溫度波動。  

• 解決方案：補充MgCl?至終濃度10-20 mM，嚴格控溫（37℃±0.5℃）。  

3. 結構形變或斷裂  

• 可能原因：二級結構干擾或緩沖液離子強度不適宜。  

• 解決方案：重新設計序列，避免連續互補堿基；調整緩沖液pH至8.0-8.5。  

4. 功能標記失效  

• 可能原因：修飾位點被封閉或化學偶聯不全。  

• 解決方案：選擇末端修飾位點（如5'端），優化偶聯反應條件（如pH 7.2-7.4）。  

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